2025年9月11日，央视新闻客户端报道，外交部发言人林剑在例行记者会上就菲律宾方面对中国设立黄岩岛国家级自然保护区提出的所谓"抗议"作出回应，明确指出黄岩岛为中国固有领土，中方对此拥有无可争辩的主权。
林剑强调，中国政府在黄岩岛建立国家级自然保护区，完全是主权范围内的正当举措。该保护区的设立旨在加强黄岩岛生态环境保护，维护区域自然生态系统的多样性、稳定性与可持续性，此举既符合中国国内法律法规，也契合国际法基本原则，充分彰显了中国作为负责任大国在生态环境保护与可持续发展领域的使命担当。
"菲律宾的领土范围早已由一系列国际条约明确界定，黄岩岛从未被纳入其中。"林剑指出，中方坚决不接受菲方的无理指责和不当诉求，严正敦促菲律宾立即停止一切侵权挑衅行为和恶意炒作，避免人为加剧南海局势的复杂性。
9月10日，中国政府网正式发布《国务院关于新建黄岩岛国家级自然保护区的批复》，明确同意设立黄岩岛国家级自然保护区，强调这是维护该区域生态系统平衡与可持续发展的重要制度保障。
批复文件要求，各相关部门及地方政府须严格执行《中华人民共和国自然保护区条例》及自然保护地建设管理的各项规定，全面落实生态环境保护主体责任，强化组织领导与协调联动机制，健全管理机构设置，加大对涉及自然保护区违法违规行为的监管执法力度，确保各项保护措施落地见效，持续提升国家级自然保护区的建设管理水平。
批复同时明确，黄岩岛国家级自然保护区的具体面积、范围及功能分区等事项，将由国家林业和草原局另行公布。
9月11日晚间，国家林业和草原局发布公告，依据《中华人民共和国自然保护区条例》相关规定，正式公布黄岩岛国家级自然保护区的面积、范围及功能区划。公告显示，该保护区位于海南省三沙市管辖海域，总面积达3523.67公顷，其中核心区面积1242.55公顷，实验区面积2281.12公顷，主要保护对象为热带珊瑚礁生态系统。
自然资源部海洋发展战略研究所副所长徐贺云在接受中央广播电视总台南海之声采访时表示，黄岩岛国家级自然保护区的设立，构建了维护该区域生态系统多样性、稳定性与持续性的重要制度框架，将有效加强对黄岩岛珊瑚礁生态系统的科学保护与规范管理，显著遏制人类活动对保护区内生态环境及生物资源的不利影响。
徐贺云指出，黄岩岛海域拥有丰富的造礁石珊瑚种类，珊瑚礁生态系统结构复杂、类型多样、物种丰度高。该区域的造礁石珊瑚均为中国国家二级保护野生动物，其中41种被列入《世界自然保护联盟濒危物种红色名录》（IUCN红色名录）近危物种，14种被列为易危物种，同时还分布有砗磲等珍稀濒危海洋生物。由于该海域是重要渔场和天然避风港，渔业活动产生的生活污水与废弃物已对珊瑚礁生态系统构成威胁，加之全球气候变化影响，区域生态系统的脆弱性亟待关注。
中国南海研究院区域国别研究所所长丁铎在接受环球时报采访时表示，新建黄岩岛国家级自然保护区，是中国在公布黄岩岛领海基点基线后，依法依规推进海洋空间规划与科学管海用海的重要举措。
丁铎强调，作为黄岩岛的主权国家和南海最大沿岸国，中国对该海域生态系统负有不可推卸的保护责任。设立国家级自然保护区，既是中国行使领土主权和管辖权的具体体现，也是积极履行《生物多样性公约》等国际义务的实际行动，充分展现了中国在全球生态治理中的大国担当。
丁铎进一步指出，黄岩岛国家级自然保护区的建立，实现了国内法治建设、国际责任履行、生态环境保护与舆论引导应对的统筹兼顾，是中国维护领土主权、推进生态文明建设、深化南海生态环境治理合作的关键步骤，有力驳斥了国际上某些势力对中国南海环保政策的无端指责。